Bezüglich einer konkreten Lösung deines Problems brauchst du wohl einen Tipp von jemandem, der von Photoshop (und seiner Stapelverarbeitung) mehr Ahnung hat.
Plötzlich fällt es mir wie Schuppen von den Augen, und du hast mich indirekt drauf hingewiesen (mit dem quadratischen Bild). Die Lösung ist ganz trivial:
Man muss natürlich als Raster 4000 x 4000 wählen und nicht 4000 x 3000.

Dann passt es, dann werden die Querformatbilder auf 4000 x 3000 skaliert, und die Hochformatbilder auf 3000 x 4000.

Trotzdem bleibt der Beigschmack, dass das nur in diesem Spezialfall geht. Wenn ich Panaoramabilder habe, wäre die Option, entweder über die kurze Seite zu skalieren oder eine Prozentzahl einzugeben, schon sehr hilfreich.
Und noch ein interessanter Nebenaspekt: jetzt sind plötzlich die Hochformatbilder auch in der Windows-Anzeige im Hochformat...

Gruß
Thoralf