Möglicherweise hat deine Kamera einen Lagesensor, mit dem die erkennt, ob das Bild hochkant aufgenommen wurde und speichert das in den Exif-Daten. Einige Programme werten das dann aus und drehen das Bild bei der Anzeige, andere Programme nicht.

Kann man bei der Bildskalierung statt festen Pixeln einen Prozentwert angeben, dann würde ich das versuchen. Dann sollte das Seitenverhältnis egal sein. Bei Image Magik (Linux) mache ich das so und funktioniert bestens.