Mit Eurem Zeitbudget und Euren Tagesetappen kommt Ihr ca. 700 km weit.

Mir ist spontan eingefallen, etwas mit Frankreich, also z.B. Basel - Belfort - Basançon - Lyon - Avignon, das sind aber schon so ca. 900 km.
Ihr könnt in Genf stattdessen starten, dann ist sind es 800.
Eventuell ist es umgekehrt besser, die Höhendifferenz zwischen Avignon und Genf ist auf 2 Wochen verteilt nicht so riesig. Und dann könnt Ihr zwischen Lyon und Genf mehr oder weniger beliebig auswählen, ab wo Ihr den Zug nehmt.

Die normale Nationalstraße führt ziemlich direkt und dafür doch ganz ordentlich durch das Jura. Die Bahnstrecke macht eine etwas südlichere Route, aber auch durchs Jura, wohl tunnelunterstützt. Aber ich denke, dass Ihr da einen guten Ausstiegspunkt finden werdet.
Lyon finde ich noch interessant, also wenn Ihr dort zwei Nächte bleibt, ist das nicht verkehrt. Dasselbe gilt für Avignon.

Meine liebsten Reiseländer sind Nordeuropa, aber das wäre etwas kalt. In DE habt Ihr die Ostsee schon angeschaut und so Mittelgebirge, mir gefallen Erzgebirge und Eifel besonders gut, sind natürlich auch schon krass, besonders die beiden. Naja, die Alpenländer habt Ihr selbst so halb und halb ausgeschlossen. Da wären dann Frankreich und Belgien meine beiden Favoriten, und mein Vorschlag für Euch etwas aus der Rhone zu machen. Das bin ich selber auch schon gefahren.