Ich hab mir ein kleines Shellscript geschrieben; das wirft aus der *.gpx XML Datei alles raus außer die übergeordneten Tags und die eigentlichen Streckenkoordinaten. So wird bei mir z.B. aus einer 125-km-Track 3,3 MB Datei eine ca. 900 KB große Datei.
Ob das in Deinem Fall auch funktionieren würde, hängt u. A. davon ab, was Deine Dateien so groß macht, die schiere Menge an Koordinaten und/oder zusätzliche Angaben zu Geschwindigkeit, Zeit, etc. in den GPX Dateien.
Die Anzahl der Punkte lässt sich auch per Basecamp reduzieren.
Zusammenfügen kann man Tracks ebenfalls in Basecamp.
Mein Prozedere wäre also, Tracks in Basecamp zusammenfügen, dann die Trackpunkte per Basecamp reduzieren, dann das Teil exportieren und durch mein Skript jagen. So wird aus der 3,3 MB Datei eine 160 KB Datei.