Hallo Andrea!
Zwischen Bozen und Franzensfeste ist ist das Eisacktal überwiegend so eng, dass der Radwanderweg (Ich bin es vor dessen Anlage gefahren) nie weit von der Autobahn sein kann und sicherlich oft ein Teil der Nationalstraße ist. Von Bozen kommt ihr also nicht schöner ins Pustertal als über den Brenner. Da ist die Bahnfahrt von Matrei am Brenner (bis dahin gibt es auf der östlichen Talseite eine Nebenstraße) bis Sterzing kürzer. Regionalzüge mit Fahrradmitnahme, die in den kleinen Orten halten, gibt es ja in A wie in I (Im Etschtal unterhalb von Bozen habe ich jedenfalls welche gesehen.); möglicherweise müsst ihr am Brenner umsteigen.
Gruß UL