Bin unsicher, aber gilt nicht (außer bei Flügen in die USA und Kanada) normalerweise die Most Significant Carrier Regel, also dass die Regeln des längsten Fluges die Regeln für den Rest bestimmen? Beim Freigepäck ist das jedenfalls immer so, z. B. ist bei Flügen nach Japan das zweite Gepäckstück auch auf den Zubringerflügen kostenfrei.
Nach Kumamoto hatte ich damals auch einen LH-Codeshare-Flug von Haneda, aber der war halt am Ende und nicht am Anfang der Kette. Zusätzlich bezahlen oder so musste ich jedenfalls nichts, aber das Fahrrad separat auch bei ANA anmelden.