Ich bin die Strecke mal 1992 geradelt (und weiter ins damals noch indonesische Osttimor), als ich noch in Bandung als Lehrer gelebt habe. Verkehrsmäßig hat sich sehr viel verändert, wie ich vor kurzem mal feststellen konnte, aber aktuelle Tipps diesbezüglich kann ich dir leider keine geben.
Prinzipiell kommst du im Hochland nicht um Auf und Ab drumrum, und im Tiefland nicht um große (feuchte!) Hitze; auch nachts. - Du bist in Indien unterwegs und vermutlich bereits einiges gewohnt, aber diese Grundsatz-Entscheidung musst du treffen: Lieber Hitze aushalten, oder lieber Steigungen...(?) - dann ergibt sich die Wahl von selber. Ich selber habe mich für eher kühlere Nächte und damit für die bergigere Variante damals entschieden.
Java ist im Norden dichter besiedelt als im Süden: Das bedeutet mehr Verkehr. In Bali ist der Norden viel weniger besiedelt, aber alles drängelt sich da auf die eine durchgehende Straße. Deshalb bietet sich dort die Inselsüdseite an, zumal du ja nach Denpasar willst, ich vermute mal auf direktem Weg. Persönlich fand ich den Norden Balis landschaftlich allerdings viel schöner.

LG, Peter