Der RegionalExpress (RE) Frankfurt-Würzburg hält auch in Kahl/Main. Mehrzweckabteile gibts am Anfang und Ende des Zuges.
Falls du in Würzburg den Bahnsteig wechseln musst, kannst durch die Unterführung am nördlichen Bahnsteigende (wird geduldet und auch von Personen mit Rollstuhl genutzt - nur schieben solltest du, sonst gibt es ne Ansage per Lautsprecher
)
Von Würzburg nach München hast du entweder die Möglichkeit über Nürnberg oder über Steinach und Treuchtlichen und Eichstätt, Ingolstadt oder Augsburg zu fahren.
Die RB/RE München-Salzburg (oder nur bis Freilassing) nehmen meines Wissens Fahrräder mit.
Für den Abzweig nach Innsbruck soll mal jemand anderes was dazu sagen (weiß ich gar nichts).
Nimm zum BayernTicket ein Fahrradtageskarte Nahverkehr (aber darauf achten, das es die bundesweite ist, da du ja in Hessen startest
)
Von Kahl bis zur Landesgrenze benötigst du ein zusätzliches Ticket.